Japon, 11 mars 2011. Un tremblement de terre déclenche un tsunami, qui cause, par des réactions en chaîne, la fusion du cœur de trois réacteurs de la centrale nucléaire de Fukushima. Une catastrophe de l'ampleur de celle de Tchernobyl.
Comme tous les habitants de la région, Naoto Matsumura est évacué. Mais ce fermier ne peut se résoudre à abandonner la ferme où sa famille vit depuis cinq générations... et ses bêtes. Prêt à tout pour sauver une vie, fut-elle animale, il retourne chez lui, en pleine zone interdite.
Depuis, l' " homme le plus irradié du Japon " fait régulièrement entendre sa colère contre le nucléaire et manifeste sa résistance en retournant toujours sur sa terre, auprès des animaux qu'il a sauvés.
Naoto est une promenade contemplative et onirique sur ces terres dévastées et abandonnées par l'homme. Parcouru de référence aux légendes japonaises qui sont autant d'odes à la nature, le récit rend hommage au combat d'un homme et à la beauté de la vie, qui reprend toujours ses droits.