Comme tous les ciliés, P. tetraurelia réarrange son génome à chaque génération sexuelle pendant le développement de son macronoyau somatique à partir du micronoyau germinal. Les réarrangements incluent l'excision précise de courtes séquences dérivant de transposons et appelées IES (Internal Eliminated Sequences). La fidélité de l'excision est essentielle pour la moitié des gènes de la paramécie qui contiennent au moins une IES. L'excision d'une fraction d'entre elles dépend de petits ARN maternels liés à des protéines Piwi (appelés scnARN) qui sont produits à partir de tout le génome germinal pendant la méiose. Ce mécanisme pose un problème lors d'une conjugaison entre deux souches présentant des polymorphismes d'insertion : une cellule sera théoriquement incapable d'exciser une IES portée par l'allèle paternel reçu si cette IES est absente de l'allèle maternel ou si la séquence est trop divergente. Cette thèse montre que les polymorphismes ne génèrent pas de défauts maternels d'excision. Cependant, un mécanisme inconnu semble poser des problèmes d'excision pour les IES hémizygotes et pourrait contribuer à un isolement reproductif.