Le faible niveau de production du coton biologique au Bénin est une situation qui interpelle les autorités à divers niveaux. Cette recherche vise à analyser les déterminants socio-économiques du faible niveau de production du coton biologique dans la commune de Banikoara, et à analyser la perception de son impact sur la santé des producteurs et sur l'environnement dans cette commune. La démarche méthodologique adoptée est mixte, à la fois qualitative et quantitative. La recherche documentaire, l'entretien et l'observation sont des techniques utilisées pour la collecte des données, avec des outils tels que le guide d'entretien, le questionnaire, la grille de lecture et la grille d'observation. Le modèle d'analyse stratégique de Crozier et Friedberg (1977) basé sur la démarche hypothético-inductive a été retenu et le calcul des indices de rang a été fait. Les données ont été collectées auprès de 100 producteurs de coton dans 05 villages répartis dans la commune de Banikoara et auprès des personnes ressources intervenant dans la filière. Les résultats de cette recherche révèlent que de nombreuses contraintes limitent la production du coton biologique dans la commune de Banikoara.