Avec la gratuité des traitements antirétroviraux depuis 2004 dans notre pays, le Mali, l''émergence des virus résistants était à craindre. Il est donc important de tenir compte de l''expérience des pays du Nord sur la question de la résistance aux traitements, qui est un point clé dans la prise en charge des patients infectés par le VIH. Nous avons décrit le profil des mutations de résistance chez des patients infectés par le VIH-1, en échec virologique de leur de traitement ARV de 2ème ligne à Bamako. Nos résultats ont montré que, 55,9% des patients avaient des mutations associées aux INTIs avec la M184V comme mutation fréquente ; 41,9% aux INNTIs avec une prévalence élevée de la K103N/S et 23,2% aux IP avec une prévalence de la M46I. Le recombinant CRF02_AG (60%) était le sous-type prédominant, suivi du CRF06_cpx (16%). D''autres sous types viraux tels que le sous-type A-1, G, CRF05_DF, CRF30_0206, CRF19_cpx et des URF ont été rencontré. Ces résultats suggèrent une surveillance accrue de la résistance chez les patients dans les pays du Sud et la disponibilité des ARV de 3ème ligne.