Au Burkina Faso, le culture du coton est capitale aussi bien pour les producteurs que pour l'Etat. L'impressionnant cortège des ravageurs du cotonnier reste la préoccupation majeure pour la production. Dans les années 1990, avec l'inefficacité des produits chimiques le cotonnier transgénique est apparu comme une alternative intéressante. Cependant, l'impact des cultures transgéniques n'est pas encore maîtrisé et le fort potentiel agronomique et économique coexiste avec la persistance d'incertitudes liées à l'influence des transgènes sur le comportement des plantes modifiées, aux effets de leur dissémination dans l'environnement. La cohabitation inévitable entre cultures transgéniques et conventionnelles oblige donc à l'évaluation des flux de transgènes et des conséquences associées, au cas par cas, avant toute approbation. Dans le cas du cotonnier, les variétés transformées sont de la même espèce que les variétés cultivées non-transformées c'est-à-dire Gossypium hirsutum ; ce qui donne toute l'importance à cette étude qui a caractérisé le cotonnier transgénique Bollgard II et évaluer le potentiel de flux de transgènes dans les conditions du Burkina Faso.