De nombreuses espèces montrent des variations cycliques de leurs densités. Ces cycles ont un rôle important dans l'émergence de zoonoses en augmentant les contacts entre l'Homme et l'animal. Suivant une approche d'écologie de la santé, j'ai étudié la communauté de parasites d'une communauté de rongeurs à dynamique cyclique afin d'identifier les réservoirs d'agents de zoonoses et les parasites potentiellement impliqués dans les cycles de cette communauté. Les résultats et les suivis épizootiologiques réalisés en Franche-Comté permettent d'inférer les facteurs de risques biotiques et abiotiques associés à l'émergence de ces zoonoses. Trois agents de zoonoses sont présents: deux hantavirus et le virus Cowpox. La dispersion et le comportement social des rongeurs sont importants pour la transmission de ces virus.