Le livre XIII du « Commentaire » d'Origène est consacré tout entier au chapitre 4 de l'Évangile de Jean : l'entretien de Jésus avec la Samaritaine, suivi de la guérison du fils de l'officier royal. En réalité, comme Origène l'indique dans la dédicace de l'ouvrage à son mécène Ambroise, il avait commencé à expliquer ce chapitre dans le tome XII, aujourd'hui perdu, de son commentaire. Or, les limites du rouleau l'avaient conduit à s'interrompre. Il reprend donc son explication avec la réponse de Jésus à la Samaritaine en Jean 4, 13-14 : « Quiconque boit de cette eau aura de nouveau soif.. ». L'interprétation d'Origène est d'autant plus précieuse que l'exégète cite, commente et réfute un commentaire du IIe siècle, celui du gnostique Héracléon. D'autre part, plusieurs thèmes spirituels ou doctrinaux y sont développés avec ampleur : la faim et la soif corporelles et spirituelles l'eau des Écritures et celle de Jésus la foi, l'adoration, les rapports du Père et du Fils la nature de Dieu, lumière, feu et esprit le rôle des anges, etc. Des notes complémentaires, en fin de volume, fournissent sur plusieurs de ces thèmes les éclaircissements et les compléments nécessaires.