L’ « Affaire suisse » constitue l’une des crises les plus graves de la Résistance. 
En 1943, les grands mouvements de Résistance de la zone sud qui viennent de donner naissance aux Mouvement unis de la Résistance (MUR), sous l’impulsion de Henri Frenay, décident d’implanter une « ambassade » à Genève, en territoire neutre. Elle doit permettre à la Résistance intérieure d’accéder à des sources de financement américaines, de recevoir des matériels divers (armes etc.), de transmettre des renseignements aux Alliés et à la France combattante. Elle est soutenue par Allen Dulles, le patron des services secrets américains et le représentant personnel de Roosevelt. Mais à un moment où les relations entre de Gaulle et l’allié outre-atlantique sont teintées de méfiance, cette initiative suscite de violents débats au sein des états-majors de la France du refus. 
Jean Moulin, chargé d’unifier l’ensemble de la Résistance sous la seule autorité du chef de la France libre, parle de « trahison ». Les incriminés accusent à leur tour Jean Moulin de commettre un « crime » contre la Résistance, dès lors que ce dernier menace l’existence de la « Délégation ». Le soupçon s’installe durablement et insidieusement au cœur de la Résistance. 
Aujourd’hui encore, l’épisode suscite toujours la polémique. Quel fut le rôle exact de cette Délégation suisse ? A-t-elle constitué une menace pour le général de Gaulle ? Fut-elle un cheval de Troie américain ? Grâce à des archives exceptionnelles, il est enfin possible de jeter toute la lumière sur ces luttes fratricides et, chemin faisant, de découvrir au quotidien les réalités du combat résistant.