Au §27 de la Critique de la raison pure, Kant affirme que la présence des catégories dans l'esprit est a priori, terme qu'il faut bien distinguer de l'inné. Innées, les catégories seraient contingentes, implantées en nous par le Créateur, simples dispositions subjectives dont nul ne pourrait prouver la nécessité. C'est là la thèse de Hume. Quelle est toutefois la différence avec l'a priori ? Il faut comprendre que ce dernier en quelque sorte s'engendre, se produit, selon, pour ainsi dire, une « épigenèse », le mouvement graduel et différencié d'un développement embryonnaire. Le livre développe tous les paradoxes contenus dans cette analogie, laquelle sert de fil directeur à la discussion : Kant parvient-il vraiment, grâce à l'épigenèse, à distinguer entre a priori et inné, à contredire le scepticisme et à conférer une valeur fondatrice au transcendantal ? Adversaires et défenseurs du kantisme s'affrontent. De Meillassoux au cognitivisme en passant par l'évolutionnisme mental, de Heidegger à Foucault, Kant est sommé de répondre et de prendre position sur trois questions centrales qui sont celles du temps, de la contingence et de la différence entre raison et cerveau.