Un beau matin, l'honorable Arseni Andréiévitch Iratov, célèbre architecte de cinquante ans dont le parcours rappelle celui d'un Rastignac soviétique (directeur d'un bureau d'architectes, amant insatiable, ex-joueur de cartes, qui a trempé dans de sombres histoires de marché noir avant d'avoir affaire au KGB et de passer quelques années en prison pour malversations financières), se réveille pour découvrir qu'il n'a plus de sexe. L'outil le plus essentiel de son anatomie a tout simplement disparu, ne laissant qu'une fente sur un bas-ventre désormais lisse.
L'organe perdu réapparaît dans un petit village, où vivent une gamine de treize ans et sa grand-mère alcoolique. Le pénis a pris l'apparence d'un gnome, qui se transforme rapidement en beau jeune homme au visage angélique.
La jeune fille décide de le garder comme animal domestique, avant d'en tomber amoureuse, de lui donner un nom français (Eugène) et de l'aider à réaliser son rêve: retrouver son propriétaire Iratov.
Avec L'Outil et les Papillons, Dmitri Lipskerov entraîne le lecteur dans un carnaval fantastique échevelé, démoniaque et absurde, une variation hilarante sur Le Nez de Gogol.